Сюжет построен по аниме Наруто Шипудень,но с маленькими изменениями:

Действия происходят в той же деревне Каноха(Деревня Скрытого Листа).
Саске Учиха уходит из деревни к Орочимару за новыми силами,после трёх лет обучение у него Саске понимает что Орочимару больше не чего не может дать ему.Саске убивает Орочимару и слуг с помощью своего Шарингана и начинает править оставшимся в живых подчененёными.
Наруто Узумаки возвращается в деревню с новыми силами,так же как и Сакура Харуно...они обговаривают вопрос о нахождении Саске с Тсунаде-сама.
После этих событий ныне изменёная команда Какаши выдвигается на поиски Учихи...